HPV có thể gây ung thư ở phía sau họng, bao gồm dưới lưỡi và amidan (gọi là ung thư vùng hầu họng), ung thư cổ tử cung, âm đạo, dương vật...Thông thường, HPV có thể được đào thải ra bên ngoài cơ thể hoặc tự biến mất, tuy nhiên ở những người có hệ miễn dịch yếu thì điều này rất khó xảy ra.