Bước vào giai đoạn 3, sức khoẻ bệnh nhân cũng như sinh hoạt đã bị ảnh hưởng nhiều hơn, những dấu hiệu ung thư vòm họng cũng rõ ràng hơn và không gây nhầm lẫn với các bệnh lý khác nhiều nữa. Phác đồ điều trị ung thư vòm họng giai đoạn II và III tập trung vào việc tiêu diệt khối u và việc tái khám bệnh.