Cơ chế gây bệnh trào ngược dạ dày thực quản xuất hiện khi mất đi sự cân bằng giữa yếu tố bảo vệ và yếu tố tấn công thực quản.
Cơ thắt thực quản dưới bất thường là một trong những yếu tố vô cùng quan trọng tham gia vào cơ chế gây bệnh trào ngược dạ dày thực quản. Cơ thắt thực quản dưới quyết định đến việc bảo vệ thực quản trước sự tấn công của dịch dạ dày, chúng thực chất là một cái van ngăn giữa giữa dạ dày và thực quản, có tác dụng giữ không cho dịch vị dạ dày và thức ăn đi ngược trở lại thực quản.
Cơ thắt thực quản dưới bất thường có thể gây bệnh trào ngược dạ dày thực quản. Hai tình trạng bệnh lý thường gặp ở cơ thắt thực quản dưới ảnh hưởng tới bệnh chính là giãn cơ thắt thực quản dưới bất thường hay giảm trương lực cơ. Khi cơ thắt thực quản dưới hoạt động không hiệu quả làm cho dịch vị và thức ăn có trong dạ dày trào ngược lên thực quản gây bệnh trào ngược dạ dày thực quản.
Khi hoạt động của cơ thắt thực quản dưới bị rối loạn, tức là việc đóng và mở cơ thực quản dưới có sự bất thường, áp lực đóng yếu hơn bình thường hay van mở vào những thời điểm không phù hợp làm cho dịch vị trong dạ dày dễ dàng đi ngược vào trong thực quản.
Thoát vị hoành cũng được xem là một trong những yếu tố tham gia vào cơ chế gây bệnh trào ngược dạ dày thực quản. Thoái vị hoành là là sự nhô lên của phần trên của dạ dày thông qua cơ hoành, hiểu nôm na hơn chính là một phần của dạ dày nhô vào khoang lồng ngực. Trong một số trường hợp thoát vị hoành hầu như không có bất cứ dấu hiệu gì nhưng chúng cũng có thể làm tăng áp lực trong dạ dày.
Thoát vị hoành còn thể gây khó chịu và đau đớn cho người bệnh có thể dẫn tới tình trạng trào ngược dạ dày thực quản. Mức độ của bệnh trào ngược dạ dày thực quản sẽ phụ thuộc vào mức độ thoát vị hoành của người bệnh.
Các yếu tố làm tăng áp lực lên dạ dày cũng tham gia vào cơ chế gây bệnh trào ngược dạ dày thực quản. Một số yếu tố làm tăng áp lực lên dạ dày có thể kể tới như béo phì, ăn quá no, quá nhiều, những người phụ nữ mang thai hay một số thói quen không tốt như ăn xong đi ngủ ngay, vận động ngay sau khi ăn quá no,…
Sự ứ đọng thức ăn quá lâu trong dạ dày hay còn gọi là quá trình làm rộng dạ dày bị chậm lại, thức ăn chưa được tiêu hóa ứ đọng lại trong dạ dày lâu hơn, làm cho dạ dày làm việc liên tục. Dạ dày co bóp liên tục làm tăng áp lực lên dạ dày, áp lực trong dạ dày và áp lực thực quản có sự chênh lệch lớn kích thích cơ vòng thực quản giãn ra gây trào ngược dạ dày thực quản.
Các yếu tố làm tăng áp lực lên dạ dày làm cho áp lực trong dạ dày tăng lên làm tăng áp lực lên cơ tâm vị và cơ thắt thực quản dưới làm cho thức ăn cũng như dịch vị có trong dạ dày dễ dàng trào ngược lên thực quản gây bệnh trào ngược dạ dày thực quản.
Tăng áp lực ổ bụng cũng tham gia vào cơ chế gây bệnh trào ngược dạ dày thực quản, cơ chế gây trào ngược dạ dày thực quản tương tự như tăng áp lực lên dạ dày. Một số nguyên nhân gây tăng áp lực ổ bụng có thể kể tới như mang thai, béo phì, xơ gan cổ trướng, táo bón, tiêu chảy mãn tính, xơ hẹp hậu môn, ung thư trực tràng, liệt ruột cơ năng,…
Những người mắc trào ngược dạ dày thực quản không phải ai cũng xuất hiện cơ chế gây trào ngược dạ dày thực quản đã kể trên, có người xuất hiện yếu tố này, có người xuất hiện yếu tố khác, nhưng đều dẫn tới hậu quả trào ngược dạ dày thực quản.