Để điều trị vi khuẩn HP, bác sĩ thường sử dụng ít nhất 2 loại kháng sinh khác nhau để ngăn chặn vi khuẩn HP phát triển đề kháng. Ngoài thuốc điều trị vi khuẩn HP là kháng sinh, bác sĩ có thể kê thêm thuốc ức chế axit để giảm loét, giúp dạ dày nhanh lành lại.