Phẫu thuật trào ngược dạ dày thực quản là phương pháp điều trị khi bệnh nhân có tổn thương nặng nề, không đáp ứng điều trị thuốc. Các phương pháp phẫu thuật thường dùng gồm khâu nếp đáy vị dạ dày, thủ thuật, Stretta, phẫu thuật nội soi xuyên miệng,...