Trong rất nhiều trường hợp, nguyên nhân chính xác của viêm cơ tim không được tìm thấy. Khi tìm thấy nguyên nhân gây viêm cơ tim, đó thường là một bệnh nhiễm trùng đã xâm nhập vào cơ tim, chẳng hạn như nhiễm virus (phổ biến nhất) hoặc nhiễm trùng do vi khuẩn, ký sinh hoặc nấm.
