Do vùng amidan là vị trí khó tiếp cận nên phẫu thuật ung thư amidan khá phức tạp, dễ gặp nhiều rủi ro và tác dụng phụ như đau, chảy máu, nhiễm trùng, vết thương vỡ,... Tác dụng phụ của phẫu thuật ung thư amidan thường dựa vào ví trí, kích thước và mức độ tổn thương của vùng được phẫu thuật.