Phân loại lợi khuẩn gồm 6 nhóm chính, mỗi nhóm đảm nhiệm những công dụng khác nhau. Một số nhóm chúng hỗ trợ quá trình điều trị nhiễm trùng nấm men, nhiễm trùng đường hô hấp, nhiễm trùng đường tiết niệu hoặc ỗ trợ điều trị hội chứng ruột kích thích, hội chứng bất dung nạp glucose và tiêu chảy...
